تدور احداث فيلم المهمة المستحيلة حول جيم فيليبس، وبعد قيامه بالتخطيط لتنفيذ مهمة معينة، تم إرساله مع زوجته كلير وشريكه إيثان هانت إلى مدينة براغ، ولكن فشلت المهمة المخطط لها والناجى الوحيد من العملية هو إيثان هانت فقط، بدأ مدير الوكالة الشك في إيثان بأنه السبب الرئيسي لفشل هذه المهمة، تتوجه إثيان نحو إثبات براءته بأى طريقة واكتشاف المتورط الحقيقي في الإيقاع بهم وإفشال المهمة