لقد مرت عدة أشهر منذ أن هزم X-Men Magneto وسجنه في غرفة بلاستيكية تبدو منيعة. ذات يوم ، يتسلل متحولة باسم Nightcrawler إلى البيت الأبيض ويحاول اغتيال الرئيس ، مما أثار سلسلة من ردود الفعل من الإجراءات المضادة للطفرة من قبل الحكومة. في هذه الأثناء ، يحاول لوغان اكتشاف ماضيه. بينما تكتشف عالمة تُدعى ويليام سترايكر مدرسة البروفيسور X السرية ويخطط سيريبرو ، شريك ماجنيتو ، ميستيك ، لإخراج زعيمها من السجن. ولكن عندما تتعرض مدرسة البروفيسور X للهجوم من قبل قوات Stryker ، فإن Logan و Rogue و Iceman وعدد قليل من المحظوظين بالفرار. أولئك الذين لا يزالون يجتمعون في بوسطن ، حيث يشكلون تحالفًا غير مستقر مع Magneto لوقف Stryker وإنقاذ البروفيسور X.